Ngày 23 tháng 2 năm 1998, hãng Netscape thành lập tổ chức Mozilla (Mozilla Organization) để phối hợp phát triển Bộ Ứng dụng Mozilla. Tổ chức Mozilla hầu hết bao gồm các nhân viên của Netscape nhưng hoạt động độc lập với Netscape. Tổ chức này được đã được yêu cầu phát triển trình duyệt Mozilla chỉ với mục đích kiểm thử, và không dành cho người dùng cuối. Điều này dẫn đến sự ra đời của Beonex Communicator, với phiên bản cho người dùng cuối được phát hành trong thời kỳ tổ chức Mozilla điều hành dự án (mặc dù hầu hết người dùng đầu cuối đều tải và dùng phiên bản "chính thức" từ Mozilla).

Khi hãng America Online (AOL) (hãng sở hữu Netscape) ngày càng can thiệp sâu vào tổ chức Mozilla, từ ngày 15 tháng 7 năm 2003, Quỹ Mozilla đi vào hoạt động nhằm đảm bảo Mozilla có thể tồn tại mà không cần Netscape. AOL đã hỗ trợ bước đầu thành lập nên quỹ Mozilla, chuyển giao các tài sản phần cứng và trí tuệ cho tổ chức này đồng thời giao cho một nhóm nhân viên gồm 3 người hỗ trợ tổ chức trong 3 tháng đầu quá độ. AOL đã hứa sẽ quyên góp cho tổ chức này 2 triệu USD trong vòng 2 năm.